Pada mulanya IAIN Alauddin Makassar yang kini menjadin UIN Alauddin Makassar berstatus Fakultas Cabang dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, atas desakan Rakyat dan Pemerintah Daerah Sulawesi Selatan serta atas persetujuan Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Menteri Agama Republik Indonesia mengeluarkan Keputusan Nomor 75 tanggal 17 Oktober 1962 tentang penegerian Fakultas Syari’ah UMI menjadi Fakultas Syari’ah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Cabang Makassar pada tanggal 10 Nopember 1962. Kemudian menyusul penegerian Fakultas Tarbiyah UMI menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Cabang Makassar pada tanggal 11 Nopember 1964 dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 91 tanggal 7 Nopember 1964. Kemudian Menyusul pendirian Fakultas Ushuluddin IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta cabang Makassar tanggal 28 Oktober 1965 dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 77 tanggal 28 Oktober 1965.

Berdasarkan dukungan dan hasrat yang besar dari rakyat dan Pemerintah Daerah Sulawesi Selatan terhadap pendidikan dan pengajaran agama Islam tingkat Universitas, serta landasan hukum Peraturan Presiden Nomor 27 tahun 1963 yang antara lain menyatakan bahwa dengan sekurang-kurangnya tiga jenis fakultas IAIN dapat digabung menjadi satu institut tersendiri sedang tiga fakultas dimaksud telah ada di Makassar, yakni Fakultas Syari’ah, Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin, maka mulai tanggal 10 Nopember 1965 berstatus mandiri dengan nama Institut Agama Islam Negeri Al-Jami’ah al-Islamiyah al-Hukumiyah di Makassar dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 79 tanggal 28 Oktober 1965. Pada Fase ini, IAIN (kini UIN) Alauddin yang semula hanya memiliki tiga (3) buah Fakultas, berkembang menjadi lima (5) buah Fakultas ditandai dengan berdirinya Fakuktas Adab berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI No. 148 Tahun 1967 Tanggal 23 Nopember 1967, disusul Fakultas Dakwah dengan Keputusan Menteri Agama RI No.253 Tahun 1971 dimana Fakultas ini berkedudukan di Bulukumba (153 km arah selatan kota Makassar), yang selanjutnya dengan Keputusan Presiden RI No.9 Tahun 1987 Fakultas Dakwah dialihkan ke Makassar, kemudian disusul pendirian Program Pascasarjana (PPs) dengan Keputusan Dirjen Binbaga Islam Dep. Agama No. 31/E/1990 tanggal 7 Juni 1990 berstatus kelas jauh dari PPs IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta yang kemudian dengan Keputusan Menteri Agama RI No. 403 Tahun 1993 PPs IAIN Alauddin Makassar menjadi PPs yang mandiri.

Merespon tuntutan perkembangan ilmu pengetahuan dan perubahan mendasar atas lahirnya Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional No.2 tahun 1989 di mana jenjang pendidikan pada Departemen Pendidikan Nasional R.I dan Departemen Agama R.I, telah disamakan kedudukannya khususnya jenjang pendidikan menegah, serta untuk menampung lulusan jenjang pendidikan menengah di bawah naungan Departemen Pendidikan Nasional R.I dan Departemen Agama R.I, diperlukan perubahan status Kelembagaan dari Institut menjadi Universitas, maka atas prakarsa pimpinan IAIN Alauddin periode 2002-2006 dan atas dukungan civitas Akademika dan Senat IAIN Alauddin serta Gubernur Sulawesi Selatan, maka diusulkanlah konversi IAIN Alauddin Makassar menjadi UIN Alauddin Makassar kepada Presiden R.I melalui Menteri Agama R.I dan Menteri Pnedidikan Nasional R.I. Mulai 10 Oktober 2005 Status Kelembagaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar berubah menjadi (UIN) Universitas Islam Negeri Alauddinn Alauddin Makassar berdasarkan Peraturan Presiden (Perpres) Republik Indonesia No 57 tahun 2005 tanggal 10 Oktober 2005 yang ditandai dengan peresmian penandatanganan prasasti oleh Presiden RI Bapak DR. H. Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 4 Desember 2005 di Makassar.

Dalam perubahan status kelembagaan dari Institut ke Universitas, UIN Alauddin Makasar mengalami perkembangan dari lima (5) Fakutas menjadi 7 (tujuh) Fakultas dan 1 (satu) Program Pascasarjana (PPs), salah satu dari 7 tersebut adalah Fakultas Sains & Teknologi.
Lahirnya Fakultas Sains dan Teknologi pada PTKIN diharapkan memberikan warna integrasi keislaman pada kajian masing-masing prodi termasuk Fisika. Oleh karena itu kurikulum prodi Fisika khususnya Capaian Pembelalajaran lulusan (CPL) dibuat dengan memperhatikan integrasi keislaman (berlandaskan Al Qur’an dan Hadis).